מערכת הבקרה של הקו האוטומטי משמשת בעיקר כדי להבטיח שכלי המכונה, מערכת העברת חלקי העבודה וציוד העזר בקו פועלים כרגיל לפי מחזור העבודה ודרישות ההשתלבות שצוינו, ומצוידים בהתקן איתור תקלות והתקן איתות . על מנת לעמוד בדרישות של איתור באגים ותפעול רגיל של הקו האוטומטי, למערכת הבקרה יש שלושה מצבי עבודה: התאמה, חצי אוטומטי ואוטומטי. במצב ההתאמה, ניתן להפעיל ולהתאים אותו באופן ידני למימוש הפעולות השונות של מכשיר בודד; במצב חצי אוטומטי, ניתן לממש את העבודה במחזור בודד של מכשיר בודד; במצב אוטומטי, הקו האוטומטי יכול לעבוד ברציפות.
למערכת הבקרה פונקציית בקרה "לפני עצירה". כאשר הקו האוטומטי צריך להפסיק בתנאי עבודה רגילים, הוא יכול לעצור לאחר השלמת מחזור עבודה והחלקים הנעים הרלוונטיים של כל מכונה חוזרים למצב המקורי. ציוד עזר אחר של הקו האוטומטי נקבע בהתאם לצרכי התהליך ומידת האוטומציה, כגון מכשיר הבדיקה האוטומטית של מכונת הניקוי, מחליף הכלים האוטומטי, מערכת החזקת השבבים האוטומטית ומערכת הקירור המרכזית. על מנת לשפר את הפרודוקטיביות של הקו האוטומטי, יש להבטיח את אמינות העבודה של הקו האוטומטי. הגורמים העיקריים המשפיעים על האמינות של עבודת קו אוטומטית הם יציבות איכות העיבוד ואמינות עבודת הציוד. כיוון הפיתוח של הקו האוטומטי הוא בעיקר לשפר את הפרודוקטיביות ולהגדיל את הרבגוניות והגמישות. על מנת לענות על צורכי הייצור הרב-זני, יפותח קו אוטומטי מתכוונן הניתן להתאמה מהירה.
